Les équipes de GetUp travaillent à harmoniser les méthodes pour y parvenir.
Lors du colloque de lancement en juin dernier, les membres du projet GetUp ont démarré l’Action de Transfert n°1 (AT1) : développer une méthode standard et des fiches techniques pour l’analyse des microbiotes du sol, du système racinaire et de la feuille de vigne.
L’atelier organisé a permis de définir des méthodes consensuelles pour l’échantillonnage (prélèvement et conditionnement) du sol et du système racinaire.
Sur la feuille, les meilleures méthodes retenues lors des ateliers sont en cours d'évaluation pour identifier le protocole optimal :
Modalité de transport et de conservation des échantillons ;
Caractérisation de différents habitats microbiens : communautés épiphytes (surface), endophytes (intérieur), et les deux simultanément ;
Extraction de l’ADN : protocole interne développés au sein des laboratoires ou kit commerciaux.
Ces essais visent à comparer la qualité de l’ADN obtenu (rendement, pureté, amplification) et l’impact des méthodes sur les communautés microbiennes grâce à un séquençage dernière génération.
Le mois dernier, les premiers prélèvements de feuilles ont eu lieu au Château Montrose, une étape clé pour affiner les méthodes et garantir des analyses robustes. Un recensement des pratiques de biologie moléculaire lancé cet été et les prochains ateliers permettront de développer les méthodes sur les étapes suivantes de l'analyse des microbiotes.
Merci à l’ensemble des membres du projet et à nos partenaires pour leur engagement et leur participation active à cet atelier fondateur.
